L'ENAA a été créé par les conclusions du Conseil de l'UE du 5 novembre 2010, reconnaissant que la criminalité organisée ne se soucie pas des frontières régionales, nationales ou internationales et que sa nature et son ampleur font qu'une agence ou même un groupe de pays ne peut pas s'y attaquer seul. Parce que les interventions du droit pénal ne seront jamais suffisantes, l'ENAA poursuit une approche multidisciplinaire, basée sur le partenariat, la coopération et l'utilisation de mesures administratives, qui offre une solution pouvant avoir un impact beaucoup plus important à la fois sur le "haut de gamme" et la "longue traîne" de la criminalité organisée dans l'ensemble de l'UE.
Depuis sa création, l'ENAA est devenu un réseau de points de contact nationaux dans les États membres de l'UE, qui servent de passerelle vers les services répressifs, les ministères, les organismes administratifs et les universités de leur pays. L'accent est mis en particulier sur les équipes, les unités et les services qui utilisent régulièrement des pouvoirs administratifs ou des méthodes de travail non traditionnelles au niveau pratique. L'approche administrative de la lutte contre la criminalité organisée a été définie par l'ENAA en 2019 comme un moyen complémentaire de prévenir et de traiter les abus de l'infrastructure juridique par le biais d'une coopération inter-agences en partageant des informations et en prenant des mesures pour ériger des barrières.
L'ENAA est coprésidé par l'État membre qui assure la présidence du Conseil de l'Union européenne et par le représentant de la Commission européenne. Le groupe central est composé des points de contact nationaux (PCN) de quatre États membres au maximum, élus par l'ensemble du réseau pour un mandat de 24 mois, et des PCN des présidences sortante, actuelle et future du Conseil de l'Union européenne. Au sein du groupe restreint, chaque État membre dispose d'une voix. Le Core Group est responsable du pilotage des activités de l'ENAA et supervise les tâches administratives du Secrétariat de l'ENAA. Le réseau complet se compose des États membres de l'UE qui désignent un ou plusieurs PCN pour les représenter et se réunit au moins une fois par an. Il se réunit au moins une fois par an. Le réseau complet est l'organe de décision final et élit également un groupe central d'États membres. La Commission européenne, Europol, Eurojust et le REPC sont des observateurs au sein du réseau.
En collaboration avec la police fédérale, la direction générale de la sécurité et de la prévention, en tant que présidente de l'ENAA, s'est engagée à promouvoir l'échange d'informations administratives dans le cadre de la prévention de la criminalité organisée, notamment en dressant la liste des restrictions légales actuelles et en examinant les ajustements législatifs nécessaires pour permettre l'échange transfrontalier d'informations administratives. La Belgique, qui assurait la présidence lors de la réunion du groupe restreint et de la réunion plénière du réseau, a fait part aux autres États membres de sa politique nationale en matière d'exécution administrative. Elle a notamment présenté sa nouvelle législation sur l'exécution administrative et mis en lumière la nouvelle direction de l'évaluation de l'intégrité pour les administrations publiques (DEIPP) et le fonctionnement des centres d'information et d'expertise des arrondissements (CIEAR) dans la lutte contre la criminalité organisée.